Différences

Ci-dessous, les différences entre deux révisions de la page.

--- domaines_specialises:biologie:alignements_de_sequences [2020/07/14 20:36] – Création. jejust
+++ 4_domaines_specialises:biologie:alignements_de_sequences [2021/04/06 17:31] (Version actuelle) – Ajout d'un exemple compilé pour "pgfmolbio". jejust
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 les paramètres ''main_memory'' et ''stack_size'' dans le fichier ''texmf.cnf''.
-[[texdoc>tsfaq|Voir La FAQ spécifique de TeXshade.]]
+[[texdoc>tsfaq|Voir la FAQ spécifique de TeXshade.]]
 </note>
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 $\Reponse$  Le package [[ctanpkg>pgfmolbio]] propose de représenter:
   * des chromatogrammes (type séquençage Sanger),
-  * des domaines le long d'une séquence.
+  * des domaines le long d'une séquence:
+<WRAP column 60ex>
+<code latex>
+\documentclass{article}
+  \usepackage[domains]{pgfmolbio}
+  \usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
+\begin{document}
+\begin{pmbdomains}[name=Bidulase \TeX ique]{101}
+  \addfeature[description={\TeX}]{domain}{10}{25}
+  \addfeature[description={\LaTeX}]{domain}{40}{70}
+  \addfeature[description=Région 1]{range}{15}{30}
+  \addfeature[description=Région 2]{range}{25}{60}
+  \addfeature[description=Et la fin,%
+              style={very thick, draw=red},%
+              range font=\footnotesize\textcolor{red}]{range}{68}{86}
+\end{pmbdomains}
+\end{document}
+</code>
+</WRAP>
+<WRAP column 40ex>
+<latexdoc>
+\documentclass{article}
+  \usepackage[domains]{pgfmolbio}
+  \usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
+  \pagestyle{empty}
+\begin{document}
+\large
+\begin{pmbdomains}[name=Bidulase \TeX ique]{101}
+  \addfeature[description={\TeX}]{domain}{10}{25}
+  \addfeature[description={\LaTeX}]{domain}{40}{70}
+  \addfeature[description=Région 1]{range}{15}{30}
+  \addfeature[description=Région 2]{range}{25}{60}
+  \addfeature[description=Et la fin,%
+              style={very thick, draw=red},%
+              range font=\footnotesize\textcolor{red}]{range}{68}{86}
+\end{pmbdomains}
+\end{document}
+</latexdoc>
+</WRAP>
+<WRAP clear />
 $\Reponse$  Enfin, [[ctanpkg>textopo|TeXtopo]] permet de dessiner la structure secondaire
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 //Sources://
   * https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10842735/
+  * https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11159320/
   * https://tex.stackexchange.com/questions/400703/highlight-cpg-sites-with-texshade
-{{htmlmetatags>metatag-keywords=(LaTeX,protéines,ADN,acides nucléiques,alignement multiple,Clustal,biologie,génomique)
+{{htmlmetatags>metatag-keywords=(LaTeX,protéines,ADN,acides nucléiques,alignement multiple,Clustal,biologie,génomique,électrophorégramme,électrophérogramme,structure des protéines)
 metatag-og:title=(Comment présenter des séquences nucléiques ou protéiques?)
 metatag-og:site_name=(FAQ LaTeX francophone)
 }}