Une numérotation commençant par un zéro est générée lorsque :
\section avant votre première commande \chapter.
En effet, ces classes numérotent les sections sous la forme « ⟨n° du chapitre⟩.⟨n° de section⟩ ». Or, jusqu'à ce que le premier \chapter apparaisse, le numéro de chapitre est 0, d'où l'affichage. D'ailleurs, si vous utilisez la commande \chapter* qui ne numérote pas le chapitre qu'elle produit, le problème persiste.
Pour éviter cette présentation, plusieurs solutions existent :
\chapter avant vos sections ;\section*. Une autre solution traitant de la numérotation est présentée dans la question « Comment placer des titres non numérotés en table des matières ? ».