Le package fancyvrb fournit la commande
\VerbatimFootnotes prévue à cet effet. Voir l'exemple ci-dessous.
Cependant, \VerbatimFootnotes ne suffit pas dans certaines
commandes. Il faut alors utiliser \SaveVerb et \UseVerb (toujours
dans le package fancyvrb).
Par exemple :
\DefineShortVerbatim{\|} \SaveVerb{Verb}|\verb| Du texte... \marginpar{du \UseVerb{Verb} en marge}